Военная ипотека положена, даже если уже есть гражданская. Не влияет также наличие жилья в собственности, доли в собственности, право на жилое помещение по договору социального найма и пр.
Данная норма не прописана отдельным пунктом или статьей закона, но прослеживается из текста статьи 11. Закон не содержит ограничений в части обеспеченности участника НИС иным жильем, в том числе по различным государственным программам, включая программу "Молодая семья".
Вместе с тем, если гражданская ипотека является проблемным кредитом и кредитная история испорчена, то в кредите по военной ипотеке могут отказать. Но у военнослужащего при этом остается право приобрести жилье без кредита - на накопления.
Короткая ссылка на эту статью: https://mlds.ru/~pdLRU