Военная ипотека пришла на смену прежней системе жилищного обеспечения в форме субсидий и предоставления жилья для постоянного проживания.
Задачу по разработке новой программы в 2004 году поставил Президент Российской Федерации.
Планируется, что к 2028 году НИС станет единственной формой жилищного обеспечения военнослужащих.